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  • 國內(nèi) Linux 集群服務(wù)器網(wǎng)絡(luò)差無法 Git Clone 大項目的解決辦法

    2023-12-27    前端達人

    GitHub 是一個軟件源代碼托管服務(wù)平臺,Linux 上使用的大部分工具都可以在上面獲得。

    但是由于 GitHub 的服務(wù)器在國外,國內(nèi)訪問經(jīng)常出現(xiàn)網(wǎng)絡(luò)問題導(dǎo)致訪問失敗,尤其是使用 git clone 對 repo 進行克隆的時候,會經(jīng)常出現(xiàn)因網(wǎng)絡(luò)問題而克隆失敗。

    Linux 集群服務(wù)器的用戶,在比較難實現(xiàn)科學(xué)上網(wǎng)的前提下,對大型 repo 克隆的任務(wù)顯得尤為困難,而且想使用 gradle build 的話,git clone 似乎是唯一選擇。

    既然 git clone 一兩次不成功,那我就想辦法讓他 clone 到成功為止,于是我就寫了一個循環(huán)腳本,將它投遞到計算節(jié)點上 24h 運行,直到它克隆成功才結(jié)束任務(wù)。

    以克隆 GATK (repo 大小約 300mb)為例,腳本如下:

    #!/bin/bash
    #SBATCH --job-name=GitClone        #任務(wù)名稱
    #SBATCH --nodelist=litchi-0-1    #計算節(jié)點名稱
    #SBATCH --partition=WHEEL        #使用 WHEEL 用戶組
    #SBATCH --nodes=1                #使用計算節(jié)點數(shù)量
    #SBATCH --ntasks=1                #使用 1 個線程
    #SBATCH --mail-type=end            #任務(wù)結(jié)束時發(fā)送郵件
    #SBATCH --mail-user=***@qq.com  #郵箱地址
    #SBATCH --output=/home/$USER/Slurm_JobLogs/JobLog_%j_%x.log        #標準輸出保存路徑
    #SBATCH --error=/home/$USER/Slurm_JobLogs/JobLog_%j_%x.err        #標準錯誤保存路徑
    #------------------------------------------------------------
    # PRINT JOB'S INFORMATION
      source /home/$USER/.bashrc
      threads=$SLURM_NTASKS
      echo "## Job:[$SLURM_JOB_NAME]"
      echo "## Node:[$SLURM_NODELIST]"
      echo "## CPUs:[$SLURM_NTASKS]"
      echo "## Mem:[$SLURM_MEM_PER_NODE]"
      echo `date`
      echo -e $(printf -- "-%.0s" {1..100})"\n" #cut-off-line
    #------------------------------------------------------------
    # PATH
      repo_url="https://github.com/broadinstitute/gatk.git"
      repo_name="gatk"
    #------------------------------------------------------------
    # SHELL
      cd /home/$USER/Accessories/Softwares
      while true; do                #循環(huán)執(zhí)行任務(wù)
        git clone $repo_url            #執(zhí)行 git clone
        if [ $? -eq 0 ]; then        #如果以上命令的退出碼等于 0 (任務(wù)成功)
          echo "Git clone successful!"
          break                        #則退出循環(huán)
        else                        #如果命令的退出碼不等于 0 (任務(wù)失敗)
          echo "Git clone failed:( Retrying..."
          rm -rf ./${repo_name}        #則刪除這個repo
          sleep 1                    #睡眠 1 秒緩沖一下繼續(xù)循環(huán)
        fi
      done
    #------------------------------------------------------------
    # JOB ENDS
      echo -e $(printf -- "-%.0s" {1..100}) #cut-off-line
      echo "## Runtime:[`sacct -j $SLURM_JOB_ID --format=Elapsed --noheader | awk '{print $1}' | sed -n '2p'`]"
    
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    這個腳本的路徑為 ~/Scripts/GitClone_GATK.sh

    將任務(wù)投遞到計算節(jié)點運行:

    sbatch ~/Scripts/GitClone_GATK.sh
    
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    最終,這個任務(wù)運行了 40 次,歷時 13h,終于是克隆成功了!

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